En aquaculture la qualité de l’eau est un paramètre essentiel pour la production, tant qualitativement que quantitativement, avec des enjeux financiers importants. Ainsi les structures travaillant dans ce domaine doivent avoir recours à des techniques de traitement de l’eau afin de lui conférer les propriétés physico-chimiques requises pour une production optimale.

La conchyliculture est une activité importante en France. Elle comprend l’élevage des moules, des huîtres, des palourdes et des coques, et représente la principale branche de l’aquaculture française. L’ostréiculture, avec 101 100 tonnes d’huîtres produites au cours de la saison 2010-2011, représente la plus grosse production de coquillages.

En effet, la France est le premier producteur et consommateur d’huîtres européen, assumant les 3/4 de la production du continent et figure au troisième rang mondial de la production de l’huître creuse Crassostrea gigas (aussi appelée « huître japonaise », espèce majoritairement produite dans le monde et en France).

Pour maintenir des conditions de production acceptables, l’ostréiculture doit aujourd’hui mettre en oeuvre des techniques diverses pour faire face à l’émergence de nombreuses problématiques. Le polder ostréicole de Bouin (Vendée, 85) peut en témoigner et constitue aujourd’hui un site atelier pertinent pour la conduite de travaux de Recherche et Développement en soutien à ce secteur. En effet le polder de Bouin regroupe à lui seul près d’un tiers des ostréiculteurs régionaux et le Comité Régional de Conchyliculture Pays de la Loire regroupe près de 350 entreprises ostréicoles pour une production voisine de 7 000 à 8 000 tonnes, soit 8 à 9 % de la production française. Par ailleurs, le secteur de Bouin (incluant France Turbot de Noirmoutier) est le premier centre français de production de naissain d’écloserie pré-grossi. Il assure près de 70 à 75 % de l’approvisionnement français en naissain d’écloserie, soit une production dépassant le milliard de naissains. La production totale de la Région Pays de la Loire, est de 16 000 t de coquillages, ce qui la place au 4ème rang des régions de production conchylicole françaises ; elle est au premier rang des régions en ce qui concerne la production de naissain d’écloserie d’huitre creuse et en élevage de coques. La station Ifremer de Bouin, positionnée au milieu d’une zone majeure de conchyliculture, est un site idéal pour mener des projets en lien avec la qualité de l’eau de mer. En effet, à l’instar de toute la conchyliculture française, le polder de Bouin est lui-même concerné par les problématiques exposées ci-après faisant de lui un secteur représentatif de la situation conchylicole française.

– La gestion des pathogènes : depuis 2008, la conchyliculture connaît des surmortalités des élevages huîtres (jusqu’à 75% des cheptels en 2012) du stade naissain au stade adulte. Ces mortalités sont en partie imputées à la présence dans l’eau de pathogènes de l’huître tels que la bactérie Vibrio aesturianus et l’Herpès virus OsHv1. Dans ce cas, le traitement de l’eau peut intervenir à la fois en entrée d’établissement conchylicole (notamment les écloseries) afin de prévenir toute contamination des élevages larvaires par ces pathogènes et en sortie des établissements en prévision de contaminations accidentelles afin d’éviter la diffusion aux élevages voisins. Ces maladies peuvent affecter l’ensemble des compartiments d’élevage, comme les fermes de grossissement ou les écloseries. Le traitement de l’eau de pompage permet d’éviter l’entrée d’une ou plusieurs de ces maladies lorsque les animaux sauvages ou l’eau de mer elle-même est vectrice de celle(s)-ci. Il permet donc de garantir que le compartiment recevant ces eaux restera indemne des maladies en question, et sera par conséquent à même de fournir des larves ou juvéniles garantis SPF (Specific Pathogen Free) au compartiment d’élevage suivant. Le traitement des effluents d’élevage permet également de ne pas diffuser un agent pathogène potentiel au milieu sauvage et à d’autres compartiments indemnes proches.

– La biosécurité dans les établissements produisant des huîtres tétraploïdes : le brevet « Rutgers » qui protège à la fois une méthode particulière d’obtention d’huîtres triploïdes et l’exclusivité du droit de les produire est tombé dans le domaine public en janvier 2015 avec la possibilité pour les professionnels de produire eux-mêmes des huîtres stériles. Cependant cette production est réalisée en France aujourd’hui grâce à une autre méthode brevetée par Ifremer, et qui consiste à produire des huîtres mâle tétraploïdes pouvant féconder des huîtres femelles diploïdes avec une productivité très supérieure au brevet Rutgers. Ifremer a donc produit de manière exclusive ce type d’huître pour les écloseurs qui souhaitent pouvoir utiliser cette méthode jusqu’à la tombée dans le domaine public du brevet Rutgers, date à laquelle ces professionnels ont mené leurs propres recherches pour produire des huître tétraploïdes. Dans ces conditions, pour préserver la biodiversité du milieu marin, il est nécessaire de proposer des solutions fiables d’un point de vue technico-économique afin d’éliminer dans les effluents gamètes et larves d’huîtres issus de ces productions spécifiques (risque de stérilisation du milieu).